Zoo Brno ist nicht nur in Projekte zur Rettung exotischer Tierarten im Ausland eingebunden. Er ist auch an Programmen zur Rettung der meist gefährdeten Tierarten in Tschechien beteiligt – als Beispiele dafür sind etwa der Steinkauz als die am stärksten gefährdete Eulenart oder das immer seltener werdende Nagetier – das Europäische Ziesel – zu nennen.